Nachteile
Anlagezertifikate setzen sich aus mehreren Komponenten zusammen. Zum einen gibt es die Basiswertkomponente oder eine dem Geldmarkt verwandte Komponente und die Renditekomponente, das sind meistens Optionsscheine. Für die Basiswert- bzw. geldmarktverwandte Komponenten werden hingegen häufig Zerobonds oder Zero-Strike-Callls
gekauft oder verkauft. Deshalb haben Zertifikate-Transaktionen meist keinen Einfluss auf den Wert des Basiswertes, da Angebot und Nachfrage davon nicht berührt werden. Würde zum Beispiel direkt in eine Aktie investiert, so hätte dass wegen der höheren Nachfrage einen Kursanstieg zur Folge, bei Verkäufen entsprechend einen Kursabfall. Dieser natürliche Börsenmechanismus wird durch die Zertifikate außer Kraft gesetzt. Daher gibt es einige Personen, die sich gegen die Zertifikate aussprechen.
Auch Aktionärsschützer kritisieren, dass die Papiere kaum zu verstehen sind. Undurchschaubare Konstruktionen bringen vor allem den Emittenten Gewinne, die Anleger verspekulieren sich dagegen sehr häufig und erleiden Verluste bis hin zu Totalverlusten. Sollten die Aktienindizes ursprünglich für mehr Transparenz sorgen, so sind inzwischen so viele davon entstanden und mit ihnen die Zertifikate in unübersehbarer Zahl, dass eher ein undurchschaubares Dickicht entstanden ist. Selbst auf die Beratung durch Banker oder Anlagespezialisten kann sich der Anleger nicht verlassen, da einige Produkte selbst für diese kaum zu verstehen sind. Da wird oft mehr versprochen als beraten und erklärt. Dennoch sind Zertifikate sehr beliebt. Die Gewinne streichen jedoch oft die Ausgebenden ein. Natürlich entstehen wie bei allen Anlageprodukten auch Kosten, die vom Anleger zu tragen sind. Diese sind allerdings oft versteckt oder so kompliziert, dass die nicht unbedingt nachvollziehbar sind. Die Emittenten nutzen dies reichlich aus.
Ein weiterer Nachteil ist die Abgeltungssteuer, die bei Zertifikats-Verkäufen nach dem 30. Juni 2009 mit 25 Prozent zu Buche schlägt. Bei Fonds, die vor 2009 gekauft wurden, bleiben dagegen nach Ablauf von 12 Monaten nicht ausgeschüttete Kursgewinne steuerfrei. Diese Rechtslage kann sich unter Umständen noch ändern. Es werden allerdings neue Zertifkate, die diesen Nachteil ausgleichen auf den Markt kommen.